교육부는 특성화중, 특수목적고, 자율형 사립고를 지정하거나 지정 취소할 때 교육부장관의 사전 동의를 반드시 거치도록 하는 것을 주요내용으로 하는 '초중등교육법 시행령(대통령령) 일부개정령안'이 12월 2일 국무회의에서 의결되어 2015년 1월 1일부터 시행된다고 발표하였다.

이번 시행령 개정은 특성화중, 특수목적고, 자율형 사립고의 지정 또는 지정 취소 시 교육부장관의 사전 협의의 성격에 대한 논란을 해소하고 사전 협의의 의미를 명확히 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하기 위해 부처협의, 입법예고 등의 의견수렴 절차를 거쳐 마련되었다.

1. 교육부장관 사전 협의의 의미 명확화

개정된 시행령은 교육감이 특성화중, 특수목적고, 자율형 사립고의 지정 또는 지정 취소 시 거쳐야하는 교육부장관의 사전 협의의 의미를 동의로 명확화하였다.

지금까지 교육감이 특성화중, 특수목적고(과학계열, 외국어·국제계열, 산업수요 맞춤형 고등학교), 평준화 지역의 자율형 사립고를 지정하거나 지정을 취소하려는 경우 교육부장관의 사전 협의를 거치도록 하고 있고, 이에 따라 협의를 거치도록 하는 것을 그동안 동의를 받아야 하는 것으로 운용하고 있었으나, 교육 현장에서 협의의 의미를 둘러싼 논란이 발생하고 있어, 그 의미를 명확히 함으로써 특성화중, 특수목적고, 자율형 사립고의 운영을 보다 안정적으로 하려는 것이다.

2. 특수목적고등학교 등 지정위원회 구성·운영

이와 관련 교육부장관 소속으로 '특수목적고등학교 등 지정위원회'를 설치하여 특성화중, 특수목적고 및 자율형 사립고의 지정 또는 지정 취소에 관한 사항, 해당 학교의 중장기적인 발전에 관한 사항 등에 대한 교육부장관의 자문에 응하도록 하였다.

특히, 교육부장관이 교육감의 특성화중, 특수목적고 및 자율형 사립고에 대한 지정 또는 지정 취소 동의 여부를 결정하려는 경우 '특수목적고등학교 등 지정위원회'의 심의를 의무적으로 거치도록 함으로써 보다 공정하고 합리적인 결정을 할 수 있도록 하였다.

한편, 법제처는 11월 21일 "초중등교육법 시행령 제91조의3 제5항에 따라 교육감이 자율형 사립고의 지정을 취소하기 위하여 교육부장관과 협의하는 경우 교육감은 교육부장관과의 협의 결과에 법적으로 기속된다"는 법령해석 결과를 교육부에 통보한 바 있으며 교육부는 이번 시행령 개정의 후속조치로 △교육감이 특성화중, 특목고, 자사고 지정 또는 지정 취소 시 거쳐야 하는 교육부장관의 동의에 관한 구체적인 사항, △특성화중, 특목고, 자사고 지정 취소 요건 구체화, △특성화중 및 특목고 지정·운영에 관한 사항, △검정고시 제도 개선, △각종학교 교원 정원 규정 정비 등을 주요내용으로 하는 동법 시행규칙(교육부령) 일부개정령안을 12월 8일까지 입법예고하였다.